在职员工多发工资若处理不当，可能引发一系列法律风险。
1. 公司的诉讼时效风险：根据《民法典》规定，公司主张返还不当得利的诉讼时效为3年，从知道或应当知道多发工资之日起计算。例如，公司2021年5月发现2020年1月多发员工工资1万元，但直到2024年6月才提起诉讼，此时已超过诉讼时效，员工可据此抗辩，公司可能无法追回款项。
2. 员工的信用及赔偿风险：若员工拒不退回多发工资，公司可能通过法律途径追讨，员工败诉后不仅需退回款项，还可能被列入失信名单，影响个人信用；若因员工故意隐瞒导致公司无法及时追回，公司还可要求员工赔偿利息等损失。
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在职员工多发工资时，双方可能会出现一些错误操作，导致问题复杂化。
1. 公司直接扣除员工后续工资而未协商：部分公司发现多发后，未与员工沟通便直接从下月工资中扣除全部多发金额，这可能违反劳动法规，引发员工投诉或仲裁，反而增加解决难度。
2. 员工故意隐瞒多发事实并挥霍款项：员工明知工资多发却不告知公司，甚至将款项挥霍一空，可能被认定为恶意占有，除需退回本金外，还可能承担利息损失或其他赔偿责任。
3. 双方仅进行口头沟通无书面记录：无论是公司通知退回还是员工承诺退回，若仅停留在口头层面，一旦发生争议，将因缺乏证据无法维护自身权益。

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在职员工多发工资的处理并非一概而论，存在一些特殊情况会影响结果。
1. 员工已离职且无法联系：若多发工资后员工离职，且公司无法通过电话、邮件等方式联系到员工，将增加追回难度。此时公司需通过诉讼等法律途径，但可能面临送达困难、执行成本高等问题，甚至无法实际追回款项。
2. 多发金额微小且公司自愿放弃：若多发金额仅几十元或几百元，公司考虑到追讨成本远高于金额本身，可能决定不予追究。这种情况下，员工无需退回多发工资，但需确认公司是否有明确的放弃声明，避免后续纠纷。
3. 公司因政策理解错误多发工资：若公司因对税收政策、社保政策理解错误导致多发工资（如少扣个税而多发实发工资），员工仍需退回多发部分，因为该多发仍属于无法律依据的不当得利。
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关于在职员工多发工资是否要退回的问题，答案是明确的。以下为您分情况详细说明：
在职员工多发的工资一般应当退回。

1. 若存在公司因计算错误、系统故障等非员工过错导致多发工资的情况：员工取得该部分工资没有法律依据，属于不当得利，需全额退回。
2. 若存在员工明知公司多发工资却故意隐瞒、未主动告知的情况：除需退回多发工资外，若给公司造成额外损失，可能还需承担赔偿责任。
3. 若存在公司自愿额外发放（如奖励、补贴等）但事后反悔的情况：若公司能证明该发放系错误而非真实意思表示，员工仍需退回；若无法证明，则员工无需退回。

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